С 1988 года ведется электронная база данных основного и научно-вспомогательного фондов. С 2014 года музейные предметы регистрируются в Государственном каталоге Музейного фонда Российской Федерации.
Фондово-закупочной комиссией утвержден следующий список коллекций музея:
Археологические памятники
Археологические памятники эпохи камня
Археологические памятники эпохи бронзы (майкопская, северокавказская, катакомбная культуры)
Археологические памятники эпохи раннего железа (кобанская культура, киммерийцы, скифы, сарматы)
Кочевнические культуры эпохи раннего средневековья (гунны, хазары, половцы, монголо-татары)
Археологические памятники аланской культуры
Татарское городище
Современная археология
Случайные находки
«ГУП Наследие» (археологические коллекции музея ныне реорганизованного ГУП «Наследие»)
Документальные памятники
Документальный фонд
- альбомы
- газеты, журналы
- документы
- книги
- печатная продукция
- рекламная продукция
- фотографии
- карты, чертежи, схемы
Кинофильмы, видеозаписи
Фонозаписи
Негативы, слайды
Коллекции группы ИЗО
Графика
Предметы декоративно-прикладного искусства, мелкая пластика
Живопись
Скульптура
Нумизматические коллекции
Бонистика
Значки
Монеты
Памятники социального этикета
Печати
Художественные медали, жетоны, плакетки
Военно-исторические коллекции
Боеприпасы
Огнестрельное и сигнальное оружие
Предметы военного снаряжения, оборонительное оружие
Холодное, пневматическое оружие
Этнографические коллекции
Галантерейные изделия, украшения
Домашняя утварь, предметы быта
Предметы костюма
Предметы религиозных культов
Мебель
Посуда
Орудия труда и приспособления
Самовары
Бытовые ткани, ковры, гобелены
Музыкальные инструменты
Игры, игрушки
Керамика. Стекло.
Предметы истории техники
Образцы изделий, продукции
Приборы, инструменты
Строительные принадлежности, обустройство населенных пунктов, скобяные изделия
Светильники
Медицина
Часы
Машины, аппараты, механизмы
Оптика
Естественно-научные коллекции
Гербарий
Геологическая коллекция
Энтомологическая коллекция
Палеонтологическая коллекция
Группа коллекций «Прочие»
Плакаты
Этикетки, коробки, упаковки
Грампластинки
Почтовые открытки
Почтовые марки, коллекционные конверты
Тиражированная печатная графика
Знамена, вымпелы, ленты, эмблемы
Спортивный инвентарь
Сувениры, призы
Канцелярские принадлежности
Прочее
Наглядные пособия
Печатные таблицы
Диапозитивы
Приборы, приспособления, макеты
Количественная характеристика фондов музея на 01.01.2021 г.
Основной фонд 263265, в том числе
Живопись 836
Графика 3010
Скульптура 117
Предметы прикладного искусства, быта и этнографии 17668
Предметы нумизматики 16345
Предметы археологии 65263
Редкие книги 4571
Оружие 1513
Документы 38397
Фотографии и негативы 36724
Предметы естественно-научной коллекции 46124
Предметы минералогической коллекции 2719
Предметы техники 2790
Предметы печатной продукции 23393
Прочие 3795
