Основными предпосылками создания института стали возросшая потребность в обеспечении населения врачебными кадрами, а также региональные особенности. Ставрополь, будучи одним из крупнейших административных, культурных и научных центров региона, имел равноудалённое положение от городов, в которых уже существовали медицинские вузы.

Реальная работа по его открытию началась летом 1938 г., и уже 19 сентября к учёбе приступили 166 студентов первого курса. В связи с  отсутствием собственных учебных корпусов обучение велось в арендованных помещениях зооветеринарного и педагогического институтов. Так, например, занятия по анатомии, неорганической химии, физике, физкультуре, военно-санитарным дисциплинам проводились в лабораториях и кабинетах зооинститута, а занятия по биологии проходили в пединституте и двух комнатах, отведённых при школе № 6.

В следующем году в распоряжение вуза было полностью передано двухэтажное здание по ул. Кагановича (ныне Морозова), дом 8, которое ранее занимала средняя школа № 6, а затем и соседний корпус под номером 6. Временно исполняющим обязанности директора института и одновременно начальником строительства комплекса зданий мединститута был назначен А.Т. Могильницкий.

С началом Великой Отечественной войны в состав вуза влился эвакуированный Днепропетровский медицинский институт. Срок обучения тогда был сокращен с пяти до трех с половиной лет. 1 августа 1942 г. состоялся первый выпуск молодых специалистов. Вчерашние студенты, получив квалификацию врачей, отправились в действующую армию.

Члены кружка на кафедре микробиологии за посевом культур. Научный руководитель Р.Р. Гельтцер. Конец 1940-х – 1950-е гг.

В период оккупации города немецко-фашистскими войсками (август 1942 – январь 1943 гг.) институту был нанесён существенный ущерб: разграблено оборудование, разрушена клиническая база, 68 сотрудников и членов их семей были уничтожены. Но уже 8 февраля 1943 г. институт возобновил свою работу.

Кружок госпитальной хирургии. Научный руководитель С.А. Крылова консультирует студента. 1950-е – начало 1960-х гг.

Благодаря энтузиазму преподавателей, сотрудников и студентов удалось успешно справиться с «наследством», оставленным войной. В дальнейшем институт расширялся, открывались новые факультеты: в 1958 г. – стоматологический, в 1973 г. – педиатрический, в 1999 г. – факультет высшего сестринского образования, главной задачей которого стала подготовка высококвалифицированных менеджеров, умеющих управлять коллективами.

Здание Ставропольского медицинского института. Фото П. Махонского. 1964 г.

Выпускники Ставропольского государственного медицинского института 1961 года

Сотрудники вуза всегда вносили неоценимый вклад в работу учреждений практического здравоохранения, принимая участие в решении актуальных медицинских проблем своего времени. Это были выдающиеся ученые-практики, известные в стране и за её пределами: М.С. Макаров (первым в мире стал делать операции по устранению горбатости), Н.М. Павлов (стоял у истоков детской офтальмологии, создал новое направление в лепрологии), Г.К. Филиппский (разработал методики лабораторного обследования детей с заболеваниями органов дыхания и пищеварения, внедрённые в практику работы детских больниц).

Михаил Сергеевич Макаров во время утреннего обхода у пациентки Маши. 1960-е гг.

Николай Михайлович Павлов со студентами ведет прием больных. Ставрополь, 1966 г.

В разные годы мединститут возглавляли И.В. Полосин, В.Г. Будылин, В.Ю. Первушин, Ю.П. Михайличенко, В.В. Бодулин.

Встреча выпускников мединститута 1952 года. Фото В. Кузнецова. 1977 г.

Серьезный вклад в развитие вуза внес Б.Д. Минаев, руководивший им более 20 лет. Он прошел служебные ступени от младшего научного сотрудника до ректора, успешно сочетая педагогическую, организаторскую и научную деятельность. Наиболее важными достижениями Б.Д. Минаева является расширение клинической базы, строительство новых учебных корпусов, открытие дополнительных кафедр и курсов, преобразование института в академию.

Борис Дмитриевич Минаев рабочем кабинете. 2004 г.

В 1937 – 1943 гг. вуз носил название «Ворошиловский государственный медицинский институт», с 1943 по 1994 гг. – «Ставропольский государственный медицинский институт», в 1994 – 2013 гг. – «Ставропольская государственная медицинская академия», а в 2013 г. получил статус университета.